在实践中，如果设定股权代持的目的在于以合法形式掩盖非法目的或规避法律行规的强制性规定，比如外资为规避市场准入而实施的股权代持、以股权代持形式实施的变相贿赂等，该等股权代持协议最终可能被认定无效。相反，如果股权代持不是出于非法目的，而是出于其他合法目的，比如出于保护隐私权或出于其他商业考虑，那么股权代持可以是合法的。
根据《公司法司法解释三》的规定，实际出资人与名义股东之间订立的股权代持协议，只要不违反法律规定，就是有效的。这意味着，如果国有企业代持非国有企业或自然人股权的协议符合法律规定，那么它就是有效的。但是，由于股权代持往往具有隐蔽性，实践中也往往存在许多非法目的的代持行为，因此需要具体情况具体分析。
综上所述，只有在排除《民法典》无效合同规定的行为之外时国有企业代持非国有企业或自然人股权才合法，但由于一般股权代持都出于非法目的，所以这类行为往往是不合法的。
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